As origens históricas da Casa da Infância Doutor Elysio de Moura remontam ao estabelecimento da Sociedade de Beneficência Protectora da Infância Desvalida, em 9 de Julho de 1835, por ação de um grupo de beneméritos professores universitários apoiados pela Reitoria da Universidade de Coimbra.
Inicialmente instalada no Colégio de Santo António da Estrela, em 1836, a instituição veio a ocupar, dois anos depois, em 1838, o Colégio de Santo António da Pedreira, sendo-lhe outorgada, em 1850, a posse plena do edifício colegial por alvará régio de D. Maria II, onde desde então prossegue ainda hoje a sua missão.
Nos alvores da década de 1920, o professor universitário e reputado médico psiquiatra da Universidade de Coimbra, Elysio de Moura, viria a assumir a presidência da direção do entretanto denominado Asylo da Infância Desvalida, cujo empenho, dedicação e capacidade pessoais determinariam a capacidade de acolhimento de um maior número de crianças, de uma escassa dezena para cerca de duas centenas.
Como forma de agradecimento ao compromisso assumido pelo Doutor Elysio de Moura, os membros da direção em exercício na década de ’60 apresentariam uma proposta destinada a rebatizar a instituição com o nome do seu restaurador, facto que viria a ser alcançado com homologação do despacho ministerial de 11 de Agosto de 1967, data em que o Asylo da Infância Desvalida passou a denominar-se de Casa da Infância Doutor Elysio de Moura.
Desde então a coordenação administrativa da instituição continuaria a ser assegurada por um escol de docentes da Universidade de Coimbra, em colaboração com as forças vivas da cidade, cujo altruísmo e abnegação permitem amparar esta obra de assistência e de beneficência sociais, trabalhando em prol do acolhimento, instrução e educação das crianças e adolescentes do sexo feminino provenientes de ambientes familiares desestruturados.